Свт. Феофан Затворник впервые в русской библеистике составил толкования на послания апостола Павла. Комментарии на первые 13 посланий были завершены при жизни святителя (с 1872 по 1882 годы). В основу толкований положен славянский текст посланий. В некоторых местах святитель обращается к греческому оригиналу, приводя греческие термины. Он старается выявить связь последующего стиха с предыдущим, а также центральную вероучительную идею и ее нравственное приложение.
В «Толковании на 2‑е послание к Тимофею» структура послания делится святителем на предисловие и 2 части: наставительную (2Тим.1:7-4:8) и обстоятельственную (2Тим.4:9-22). В наставительной части выделяются 2 отделения: наставительное, где апостол Павел даёт наставления о пастырской деятельности и воодушевительное, призванное укрепить апостола Тимофея в исполнении пастырских обязанностей. Ап. Павел учит, что спасение даётся по благоволению и благодати Божией, а не по делам людей. Созерцание домостроительства спасения (воплощение, смерть и воскресение Христа) должно воодушевлять людей на перенесение страданий за веру. Апостол предупреждает о тяжёлых временах в последние дни: люди станут самолюбивыми, сребролюбивыми, неблагодарными, недружелюбными, клеветниками и сластолюбивыми. Благочестивые будут гонимы, а обманщики – преуспевать во зле. Он призывает Тимофея оставаться верным учению и Священному Писанию.
В обстоятельственной части апостол Павел перед своей возможной кончиной призывает Тимофея приехать к нему как можно скорее. Он даёт ему ряд поручение (привезти фелонь и книги), делится известиями о своём положении, передаёт приветствия.
Святитель Феофан опирается на комментарии святых отцов (свт. Иоанна Златоуста, блж. Феодорита Кирского, блж. Феофилакта Болгарского и др.). Он разъясняет ключевые понятия (дар Божий, дух силы, любви и целомудрия, обетование вечной жизни) и показывает, как апостол Павел воодушевляет апостола Тимофея через напоминание о вере его рода, собственный пример стойкости и указание на спасительное домостроительство Божие.