В сочинении «Подвижнические и гносеологические главы» (100 глав) раскрываются такие вопросы, как природа греха и его разрушительное действие, тайна свободы воли, соотношение разума и веры, пути Богопознания и самопознания.

Прп. Иустин (Попович) показывает, что истинное познание невозможно без очищения сердца и преображения личности через евангельские добродетели – молитву, любовь, смирение, покаяние. При этом центральным ориентиром и единственным надёжным основанием всякого знания выступает Личность Богочеловека Христа и действие Святого Духа.

Отдельное место в сочинении занимает критика рационалистических подходов к постижению Бога. Автор подчёркивает, что «мудрость мудрецов» и «разум разумных» бессильны перед тайной греха, смерти и спасения. Лишь Крест Христов становится подлинной силой и премудростью для верующего.