В 1894 году поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, где с особенным интересом занимался у профессора Ивана Саввича Пальмова (1856–1920), специализируясь по кафедре истории славянских Церквей.

В 1898 году окончил Академию со степенью кандидата богословия за сочинение «Афанасий, епископ Холмогорский».

Научная работа. Священство

Научный интерес В.М. Верюжского определился еще во время обучения в академии, но кроме приобретения теоретических знаний, необходимо было самому познакомиться со славянским миром. Так поступали и другие известные деятели русской богословской и церковно-исторической науки. И.С. Пальмов, учитель и научный руководитель Верюжского, объехал многие страны Европы, побывал на Афоне и в Константинополе, где исследовал библиотеки и архивы.

С 1898 по 1900 год В.М. Верюжский преподавал в Самоковском духовном училище в Болгарии сравнительное богословие, логику, психологию и историю философии.

Интересно то, что город Самоков был центром протестантской проповеди в Болгарии. Американские методисты имели там мужскую и женскую гимназии для обучение болгар, естественно, преследуя цели прозелитического характера. Для противодействия им и было создано православное богословское училище. За время работы в Болгарии М.В. Верюжский, изучая римо-католическую и протестантскую пропаганду, написал статью на русском и болгарском языках «Очерки из истории римо-католической и протестантской пропаганды в Болгарии», которая была опубликована как в болгарском «Церковном вестнике» за 1901 год, так и в русском «Церковном вестнике» за 1903 год.

Вернувшись в Россию, М.В. Верюжский углубился в научную работу, плодом которой стали несколько статей по истории Холмогорской епархии и истории церковного раскола на русском Севере в XVII веке. Свои статьи он публикует в академическом богословском журнале «Христианское чтение». Другие статьи о современном положении Поместных Православных Церквей он поместил в «Церковных ведомостях».

В мае 1908 года после успешной защиты диссертации на тему «Афанасий, архиепископ Холмогорский. Его жизнь и труды в связи с историей Холмогорской епархии за первые 20 лет ее существования и вообще Русской Церкви в конце XVII века» он был утвержден в степени магистра богословия. Сама диссертация вышла в 1908 году в Санкт-Петербурге отдельным изданием. В том же году работа молодого ученого была удостоена Макарьевской премии. Отзыв на соискание премии дал профессор, академик Академии наук Н.К. Никольский.

С 1901 по 1903 год М.В. Верюжский — помощник инспектора Санкт-Петербургской духовной семинарии, с 1903 по 1913 год преподает в ней сравнительное богословие и историю и обличение русского раскола. Одновременно он являлся библиотекарем фундаментальной семинарской библиотеки.

В октябре 1909 года он принимает сан и становится священником церкви Воскресения Христова на Екатерининском канале Петербурга («Спаса на Крови»).

Несмотря на дополнительную загруженность, молодой иерей не оставляет научной и педагогической работы. В 1913–1918 годы он занимал кафедру истории славянских Церквей в Санкт-Петербургской духовной академии. В 1913 году становится доцентом этой кафедры, потом профессором.

Высокому научному и преподавательскому уровню профессора способствовало знание им греческого, латинского, французского и немецкого языков.

Особым событием в научной деятельности профессора протоиерея Верюжского стало его участие в работе комиссии по научному изданию славянской Библии (Библейской комиссии) при Петроградской духовной академии в 1915–1918 годах.

В 1916 году иерей Василий был возведен в сан протоиерея.

После революции. Арест

В 1920–1923 годах является профессором в Богословском институте Петрограда по кафедре истории славянских и румынских Церквей. Одновременно работал старшим архивистом в Главархиве.

В 1923 году протоиерей Василий Верюжский отказался перейти в обновленчество. За «нежелание быть в единение с Петроградским ЕУ» он был в июне 1923 года указом обновленческого епископа Лужского Артемия (Ильинского) уволен с должности священника Воскресенского собора. В том же 1923 году за «распространение контрреволюционных листовок» он был приговорен к заключению сроком на 1 год. После недолгого ареста и после возвращения Воскресенского собора в ведение патриаршей Церкви и присвоении ему статуса кафедрального протоиерей Верюжский с августа 1923 года становится его настоятелем.

Иосифлянский раскол

После издания заместителем патриаршего местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским) и Временным патриаршим Синодом в 1927 году «Декларации» о лояльности к Советской власти, а также отказа митрополита Иосифа (Петровых) от перехода с Ленинградской на Одесскую кафедру Верюжский стал играть заметную роль в формировании иосифлянского раскола.

В начале декабря 1927 года протоиерей Верюжский подготовил обращение к митрополиту Сергию от лица сторонников митрополита Иосифа с целым рядом требований, в том числе: дать отпор богоборческой власти в ее стремлении поработить Церковь, не перемещать епископов без их согласия и одобрения паствы, «удалить из состава Синода пререкаемых лиц», «возвратить на Ленинградскую кафедру митр. Иосифа», отменить возношение за богослужением имени заместителя патриаршего местоблюстителя, поминать только находящегося в заключении патриаршего местоблюстителя митрополита Крутицкого Петра (Полянского), отменить моления за гражданскую власть и разрешить поминовение ссыльных епископов.

14 декабря митрополит Сергий дал ответ, в котором разъяснил свою позицию по поднятым вопросам и объявил: «Отказаться от курса церковной политики... было бы с моей стороны не только безрассудно, но и преступно».

26 декабря на квартире Гдовского епископа Димитрия (Любимова) состоялось собрание иосифлян, на котором был провозглашен «Акт о разрыве с митрополитом Сергием».

30 декабря священнослужители, подписавшие этот «Акт», в том числе и протоиерей Верюжский, были запрещены в священнослужении временно управляющим Ленинградской епархией Петергофским епископом Николаем (Ярушевичем).

Однако наложенному прещению протоиерей Василий не подчинился, и возглавляемый им храм Воскресения Христова, в котором он срочно ввел в приходской совет своих сторонников, стал центром иосифлянства в Ленинграде. Но Верюжский не разделял мнения крайних иосифлян о безблагодатности таинств, совершаемых священниками, остающимися в общении с митрополитом Сергием.

Новый арест

В декабре 1929 года по обвинению в том, что «состоял в группе защиты истинного православия, распространял контрреволюционную литературу, направленную на подрыв и свержение Советской власти, принимал приезжающее из различных мест СССР духовенство, исповедовал и давал инструкции по борьбе с Советской властью», Верюжский был арестован.

Постановлением Коллегии ОГПУ летом 1930 года ему было определено содержание в исправительно-трудовом лагере на 10 лет. Срок отбывал в Свирьском лагере. В апреле 1932 года лагерь был ему заменен ссылкой на оставшийся срок, которую он отбывал в Архангельске, а затем в Каргополе Архангельской области. Освобожден в декабре 1939 года, прибыл в Ленинград, но к служению не приступал.

Возвращение к Церкви и преподаванию

В 1946 году, когда патриархом Московским и всея Руси был уже Алексий I, принес покаяние и был принят в общение с Церковью.

Особым Совещанием при Министерстве Государственной безопасности в марте 1947 года с В.М. Верюжского судимость была снята.

Перерыв в преподавательской работе не прервал научных изысканий пастыря-богослова. В самые тяжелые годы он продолжал трудиться, разрабатывал историю Болгарской Церкви.

В июне 1947 году был удостоен, впервые за советский период, степени доктора церковной истории за диссертацию «Болгарский народ под греческой церковной властью, преимущественно в XIX веке. Происхождение греко-болгарского вопроса и болгарской схизмы».

Назначение в годы жесткого контроля и давления на Церковь на преподавательскую работу в возрожденную богословскую школу Ленинграда не могло пройти гладко. Тем более это касалось специалиста еще дореволюционной закалки, человека независимого и твердого в своих убеждениях, каким и был протоиерей Василий Верюжский. Священноначалию понадобилось немало терпения и дипломатических усилий, чтобы включить его в корпорацию Ленинградской духовной академии.

Сначала были открыты кафедры византологии и истории славянских Церквей в Московской и Ленинградской духовных академиях, а потом на заседании учебного комитета стали подыскивать способ привлечения протоиерея Верюжского на преподавательскую работу, чтобы власти это пропустили. Выход был найден в том, чтобы сначала назначить профессора временно, что и было сделано и утверждено патриархом.

Только в 1953 году особым постановлением Святейшего патриарха Алексия I ему была предоставлена полная профессорская ставка как доктору церковной истории и старейшему профессору.

По этому случаю уполномоченный по делам Русской Православной Церкви по Ленинградской области Кушнарев отмечает:

«Кафедра византологии интересна тем, что в ней ставятся непрерывно вопросы взаимоотношения церкви и государства, затрагиваются общественно-философские проблемы… При желании она может быть обращена в острое оружие идеологического и политического характера. Здесь всё зависит от того, какого рода человек будет ее вести. Специалистов византологов при этом исключительно мало, их в Союзе буквально единицы, а Верюжский является несомненной величиной первого разряда, но несомненны также его настроения, не только далекого от современности, но и враждебного всему прогрессивному человека».

Кончина

Скончался протоиерей Василий Верюжский 28 февраля 1955 года после продолжительной болезни, на 81 году жизни. После облачения тела в положенные священнические одежды была отслужена панихида. Вечером того же дня его гроб был доставлен в академию и установлен в актовом зале, где была совершена соборная панихида. Отпевание прошло 3 марта в академическом храме святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Чин отпевания возглавил митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков). Протоиерей Василий был похоронен на Большеохтинском кладбище Ленинграда.

Искренне любя Священное Писание, протоиерей Василий Верюжский сам постоянно обращался к нему и старался в своих проповедях донести его глубочайший смысл людям, особенно будущим пастырям. Отец Василий стал неотъемлемой частью научного преемства от школы дореволюционной к школе возрожденной, его трудами русская богословская школа сумела не только выжить, но и приносить плод, казалось бы, в самое тяжелое время.