Родился 6 декабря 1863 года в селе Кичменгский Городок, Вологодской губернии в семье священника. На третьем году жизни, после смерти родителя, был взят на попечение старшей сестрой Анной. Начальное образование получил в Кобыльской (село Кобыльско-Ильинское) церковно-приходской школе и духовном училище города Никольска.

По окончании Вологодской духовной семинарии в 1884 году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1889 году. По окончании академии был назначен преподавателем Священного Писания в Воронежскую духовную семинарию.

В июле 1890 года удостоился учёной степени магистра богословия МДА, защитив диссертацию на тему: «Блаженный Феодорит, епископ Кирский: его жизнь и литературная деятельность». После защиты диссертации был приглашён в Петербургскую духовную академию на кафедру Священного Писания Нового Завета. Указом Святейшего Синода от 4 ноября 1894 года был утверждён в должности экстраординарного профессора; с 28 января 1898 года — ординарный профессор, с 16 ноября 1916 года (после 25 лет академической службы) — заслуженный ординарный профессор академии.

Награждён Макариевской премией за сочинение «Благовестие христианской свободы в послании Святого Апостола Павла Галатам».

После смерти профессора А. П. Лопухина, с 14 октября 1904 года вплоть до 1911 года состоял редактором и цензором «Православной богословской энциклопедии». Ряд статей в энциклопедии написаны им самим.

В 1905 году был избран членом епархиальной Комиссии по подготовке к Всероссийскому Поместному собору Российской церкви; позже был привлечён к работе Комиссии по выработке нового устава духовных академий. В 1907—1908 годах работал в особых Совещаниях по вопросу о реформе Духовных школ и органов церковного управления. В 1907 году выпустил книгу «По вопросам духовной школы средней и высшей и об учебном комитете при Святейшем Синоде».

5 декабря 1909 года был избран членом-корреспондентом Санкт-Петербургской академии наук по отделению русского языка и словесности.

С 1911 года — постоянный член училищного совета при Святейшем Синоде. По поручению Святейшего Синода занимался исправлением перевода книг Нового Завета на русский язык, был редактором в журналах «Церковный вестник» и «Христианское чтение».

В 1914 году Святейший Синод поручил ему редактирование «Справочного и объяснительного словаря к Новому Завету» П. А. Гильтебрандта.

В 1918 году читал лекции в Швеции в Стокгольмском университете, после возвращения в Россию (1919) работал в новообразованном Петроградском богословском институте, а также исполнял должность архивиста, архивариуса и редактора в бывшем Синодальном архиве.

27 ноября 1920 года женился на Анастасии Васильевне Нечаевой, вдове профессора А. П. Лебедева.

Жизнь в эмиграции

В 1921 году вместе с женой выехал в Финляндию, оттуда в Германию, затем в Чехословакию, где занял должность профессора в Пражском университете.

В 1922 году переехал в Сербию, читал курс богословия в Белградском университете. В 1923 году принял предложение занять кафедру Священного Писания Нового Завета на богословском факультете Софийского университета (Болгария). В 1929 году был избран членом-корреспондентом Болгарской академии наук, почётным членом Библейского общества в Лондоне.

Пребывая за рубежом, Н. Глубоковский занимал активную позицию в деле защиты и отстаивания интересов Православной Церкви: выступал на различных собраниях, международных конференциях и встречах, писал для печати о положении Церкви в советской России.

Скончался 18 марта 1937 года от болезни почек. Чин отпевания в кафедральном соборе Святой Недели 20 марта совершил митрополит Софийский Стефан (Шоков), который в надгробной речи назвал Николая Никаноровича Глубоковского «величайшим авторитетом в библейской экзегетике православной богословской науки, любящим и верным сыном Церкви, могучим столпом Православия».

«Библейский словарь», над которым богослов трудился с перерывами всю жизнь и считавшийся в России утраченным, был впервые издан в 2007 году к 70-летию со дня его кончины.

Труды

Преображение Господа, М., 1888
Опыт русской обработки материала для жизнеописания св. Апостола Павла СПб., 1894
Благовестие христианской свободы в Послании св. ап. Павла к Галатам. СПб., 1902.
Благовестие св. Апостола Павла по его происхождению и существу: Библейско-богословское исследование: Кн. 1—3., СПб.: Тип. Монтвида, 1905—1912.
Книга 1. Спб., 1905
Послание к Евреям и историческое предание о нем // Годишник на Софийский университет, кн. 14, 1936-1937. София, 1937, 62 с.
Блаженный Феодорит Кирский. Его жизнь и литературная деятельность. т. I.т. II. М. 1890.
Св. Лука, евангелист и дееписатель. София, 1932.
Благовестие Христовой Славы в Апокалипсисе св. ап. Иоанна Богослова. Джорданвиль, 1966.
Христианское единение и богословское просвещение в православной перспективе.// Путь. — 1926. — № 4. — С. 139-144
Ветхозаветный закон его происхождению, предназначению и достоинству.// Путь. — 1928. — № 10. — С. 43-52
Бог – Слово//Православная мысль. — 1928. — №1. — С.89-121
Вместо эпилога к моей полемике о 34-м Апостольском правиле // Богословский вестник. Сергиев Посад 1908. Т. 1. № 2. С. 396-399 (2-я пагин.).
Православие по его существу // Отдельный оттиск из журнала "Церковь и время", 1991, № 1
Ходатай Нового Завета (Экзегетический анализ Евр. I, 1-5.) // Сергиев Пасад. 1915
Христос и ангелы. // Христианское чтение. Спб. 1915 г. №№ 1 и 2, стр. 3-21, 153-174
Вера по учению св. ап. Павла.//Христианское Чтение. СПб., май 1902 г.
Искупление и Искупитель. СПб., 1917
Христово уничижение и наше спасение (Библейско-экзегетический анализ Филип 2, 5-11) София (Болгария), 1929
Греческий язык Нового Завета в свете современного языкознания. СПб., 1915
Библейский греческий язык в писаниях Ветхого и Нового завета. Киев, 1914